En effet, les liants à base de résine siloxane réagissent avec les matériaux minéraux et forment un réseau de résine siloxane. Sous l'action de l'humidité, il se produit une réaction de condensation catalysée libérant de l'alcool lié. Tous les hydrofuges silicones visent à la formation de ce réseau lié chimiquement au support minéral, qui confère aux matériaux de construction leurs propriétés hydrofuges et leur perméabilité à la vapeur d'eau.

Les structures de réticulation tridimensionnelle de la résine siloxane, du quartz, du verre soluble et de l'ester d’acide silicique se ressemblent. La résine siloxane possède une structure de quartz modifiée durablement par des groupements organiques hydrophobes R. Dans le cas du verre soluble modifié au sel de potassium (Si−O⁻K⁺) et de l'ester d’acide silicique modifié avec de l'éthanol (Si-OEt), la modification de la structure du quartz n'est que temporaire.

À l'inverse de la résine siloxane, ces deux substances peuvent subir une réaction de silicification après élimination des produits de modification décomposés (carbonate de potassium après réaction avec le dioxyde de carbone de l'air dans le cas du verre soluble et éthanol après réaction avec l'eau dans le cas de l'ester d'acide silicique) pour obtenir à nouveau du dioxyde de silicium pur (SiO²).