Die Siliconharzbindemittel reagieren auf mineralischen Baustoffen zum Siliconharznetzwerk. Dabei findet unter Einwirkung von Feuchte eine katalysierte Kondensationsreaktion statt, bei der sich gebundener Alkohol abspaltet. Diese Netzwerkausbildung ist das Ziel jedes Bautenschutzes mit Siliconen. Sie bewirkt die wasserabweisenden und wasserdampfdurchlässigen Eigenschaften und ist chemisch fest an das mineralische Substrat gebunden.

Die räumlich vernetzten Strukturen von Siliconharz, Quarz, Wassserglas und Kieselsäure sind verwandt. Siliconharz besitzt eine durch hydrophobe organische Gruppen R dauerhaft modifizierte Quarzstruktur. Bei mit Kaliumsalz (Si−O⁻K⁺) modifiziertem Wasserglas und mit Ethanol modifiziertem Kieselsäureester (Si−OEt) ist diese Modifikation der Quarzstruktur nur vorübergehend.

Im Gegensatz zu Siliconharz erhält man als Verkieselungsreaktion in beiden Fällen nach Abgabe der abspaltbaren Modifikationsprodukte wieder reines Siliciumdioxid (SiO²). Das Modifikationsprodukt beim Wasserglas ist Kaliumcarbonat nach Reaktion mit Kohlendioxid der Luft, beim Kieselsäureester ist es Ethanol nach Reaktion mit Wasser.